國際貨運代理開發票稅是免稅的。
2014年7月份，稅務總局公告明確，納稅人通過其他代理人，間接為委托人辦理貨物的國際運輸、從事國際運輸的運輸工具進出港口、聯系安排引航、靠泊、裝卸等貨物和船舶代理相關業務手續，可按規定免征增值稅。但向委托人收取的全部代理服務收入，以及向其他代理人支付的全部代理費用，必須通過金融機構進行結算，否則不能免稅。
提供國際運輸、港澳臺運輸的，應從增值稅零稅率應稅服務提供者申報中抽取若干申報記錄審核以下內容：
1、所申報的國際運輸、港澳臺運輸服務是否符合適用增值稅零稅率應稅服務的規定；
2、所抽取申報記錄申報應稅服務收入是否小于或等于該申報記錄所對應的載貨或載客艙單上記載的國際運輸、港澳臺運輸服務收入；
3、采用期租、程租和濕租方式租賃交通運輸工具用于國際運輸服務和港澳臺運輸服務的，重點審核期租、程租和濕租的合同或協議，審核申報退（免）稅的企業是否符合適用增值稅零稅率應稅服務的規定。
《應稅服務適用增值稅零稅率和免稅政策的規定》
第三條 增值稅零稅率應稅服務適用范圍按財政部、國家稅務總局的規定執行。
起點或終點在境外的運單、提單或客票所對應的各航段或路段的運輸服務，屬于國際運輸服務。
起點或終點在港澳臺的運單、提單或客票所對應的各航段或路段的運輸服務，屬于港澳臺運輸服務。
從境內載運旅客或貨物至國內海關特殊監管區域及場所、從國內海關特殊監管區域及場所載運旅客或貨物至國內其他地區或者國內海關特殊監管區域及場所，以及向國內海關特殊監管區域及場所內。
另一方面，3月18日起 RCEP將對馬來西亞生效我國將與馬來西亞相互實施RCEP協定稅率。
據新華社，從國務院關稅稅則委員會辦公室了解到，區域全面經濟伙伴關系協定（RCEP）將于2022年3月18日起對馬來西亞開始生效實施。為嚴格履行協定承諾，積極推動RCEP全面生效實施，國務院關稅稅則委員會發布公告，自2022年3月18日起，對原產于馬來西亞的部分進口貨物實施RCEP東盟成員國所適用的第一年稅率。
